In definierter Abstimmung mit der zentralen Verwaltung der Universitätsmedizin Mainz verantworten das Direktorium gemeinsam mit dem Vorstand des CTH die eigenständige Geschäftsführung und Programmgestaltung des CTH. Die zentrale Verwaltung der Universitätsmedizin Mainz übernimmt die Verantwortung für die kassenmäßige Buchhaltung, Mittelvereinnahmung, Verwendungsnachweise, Kostenerstattung Patientenversorgung und Leistungsabrechnung, Technik, Wartung, Verträge, Formalia Ausbildung, Personalverwaltung, Pflegeverwaltung, Einkauf. Die Zuständigkeiten sind zwischen CTH und Universitätsmedizin formal abgestimmt und werden regelmäßig evaluiert.

Zentrale Aufgabe und Ziel des Direktoriums ist es, dafür zu sorgen, dass die Wissenschaftler/Innen und Ärzte/Innen im CTH die Ressourcen optimal nutzen können und die Strukturen des CTH kontinuierlich verbessert bzw. ausgebaut werden. Gemeinsam mit dem CTH-Vorstand verantwortet das Direktorium die Alltagsgeschäfte des CTH.